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关于太史慈降孙策一节，《吴历》有另一段文字记载太史慈于神亭战败，为孙策所执。孙策素闻其名，即时解缚请见，询问进取之术。
太史慈答“破军之将，不足与论事。”
孙策说“昔日韩信能定计于广武，今策亦能向仁者询求解惑之法，你又怎么要推辞呢？”
太史慈便道“扬州军近日新破，士卒皆离心分散，难复再合聚。慈愿出去宣示恩惠，以安其心并集其众，但只恐不合尊意而已。”
孙策竟跪而答道“这实是策本心所望。明日中，希望君能及时来还。”
诸将皆十分怀疑太史慈，独孙策坚说；“太史子义是青州名士，向以信义为先，他终不会欺骗我。”
明日，孙策大请诸将，预先设下酒食，将一根竹竿矗立在营中视察日影。
至日中，太史慈果然依约而回，孙策大喜，常与慈参论军事。
二人自此形成莫逆，常常秉烛彻夜而谈。
也就是在这个时候，太史慈把自己的同父异母的妹妹，嫁给了孙策。就是这个女人给孙策生了一个女儿，后来嫁给了顾邵；顾绍亡故后，又改嫁给陆逊。
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虽然裴世期认为太史慈并非于神亭为孙策所擒，因而怀疑《吴历》中所记实为谬误，然而取其文字，叙述孙策知人、子义守信，未为不美。
《江表传》又记载孙策问太史慈道，“闻知卿昔日为郡太守劫州章，赴助于孔文举融，请援于刘玄德备，都是有烈义的行为，真是天下间的智士，但所托却未得其人。射钩斩袪，古人不嫌管仲原是齐公子纠的属下，曾引弓射中公子小白〈齐桓公〉的钩带，然而小白日后仍以管仲为相；晋公子重耳〈晋文公〉曾出走奔翟，晋献公遣寺人披追之，更斩下重耳的衣袖，然而重耳仍能容赦寺人披。孤是卿的知己，卿千万别忧虑会不如意啊。”
又说，“龙要高飞腾空，必先阶其尺木‘龙适与雷电俱在树木之侧，雷电去，龙随而上，故谓从树木之中升天也。’《论衡校释》。”
当时有刘表从子刘磐，十分骁勇，数度作寇于艾、西安诸县。
孙策于是分海昏、建昌作左右共六县，并以太史慈为建昌都尉，兼治海昏，并督诸将共拒刘磐。
刘磐自此绝迹不复为寇。
也就在这个时候太史慈王氏的那个女儿夭亡。
太史慈把家迁到建昌，又纳一小妾，未生育。
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太史慈的射术确是史上有名的。
他跟从孙策讨伐麻保贼，有一贼于屯里城楼上毁骂孙策军，并以手挽着楼棼城楼上的柱子。
太史慈便引弓射之，箭矢贯穿贼人手腕，把他反到牢牢钉在楼棼上，围外万人齐声称好。
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曹操闻其威名，向太史慈寄了一封书信，以箧封之，内无多物，而放了少量当归，寓意太史慈应当向其投诚，但，太史慈不为其所动。
后来孙权统事，以太史慈能克制刘磐，遂委以南方诸大事。
太史慈于建安十一年卒，享年四十岁。
孙权知道太子慈去世，十分悼惜。
太子慈的儿子太史亨嗣任，享字元复，历尚书、吴郡太守。官至越骑校尉。
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