军制改革同样是第二次党代会的重要内容。军队的重要性无需多说，与会代表中，有三分之一的人是军队现役高级干部，有三分之二的人有过军队工作经验。
复兴军现有的编制结构、兵种设置，基本是在五年前第一次党代会上确定的。随着形势的转变、对手的转变、作战任务的转变，新一轮军制改革迫在眉睫。
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二次西征时，吴捷指示左七军军长、湖南军政委员会冯桂芳在湖南展开试点，兴建野战部队、守备部队、民兵三级武装体系。
半年来，试点工作初见成效。执委会军事部根据湖南方面的试点成果，按照吴捷的指示精神，形成了新一轮军制改革草案。
军制改革至关重要，是共和党日后问鼎天下、对抗列强的前提。作为军队的实际缔造者，吴捷亲自主导新一轮军制改革，广泛征求意见，确定了新一轮军制改革方案，其要点有：
第一，复兴军改称革命军，分设陆军、海军两大军种。
革命军的作战任务是统一华夏，抵御外敌入侵，维护国防安全。
革命军为共和党治下唯一合法武装，脱胎于太平军。太平军已经不能胜任领导革命的重任，也无力实现“有田同耕、有饭同食、有衣同穿、有钱同使”的理想。
华夏境内的太平军残军，必须服从革命军的领导，接受革命军的改编。
不仅如此，革命军以外的所有武装，包括太平军、捻军、民团、天地会武装等武装力量皆为非法，必须在规定时间内接受改编，或直接解散。
第二，军政、军令分离。
革命军实行政令分离，从制度上保证革命军的高度集中统一，防止部队尾大不掉。
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（一）军政。
撤销执委会军事部编制，在原军事部的基础上，成立军事委员会，作为革命军的最高领导机关、军政机关。
作为革命军的最高领导机关，军事委员会有权调动、指挥任何一支武装力量。
军事委员会与执行委员会平行，不相隶属，同为共和党军政委员会下属常设机关。
军事委员会是革命军最高领导机关，下辖办公厅、作战处、监察处、战略规划处、情报处、管理处、训练处、动员处等部门。
其职权有：任免、赏罚师级以上军官、规划长期国防建设；推动大项国防工程；编制年度国防预算；制订战略计划；战时转为统帅部，制订作战方略……
吴捷本人兼任军事委员会主任，委员有陆军司令冯桂芳、海军司令史潘西。
（二）军令。
成立陆军司令部、海军司令部，分别作为陆军、海军的军令机关。
陆军司令部驻江苏南京市，首任司令为原左七军军长冯桂芳。冯桂芳不再兼任湖南军政委员会主任之职，留下的空缺由共和党粮食部长张欣填补。
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海军司令部驻上海，首任司令为原右二军军长史潘西。
陆军司令部、海军司令部主要负责指挥打仗、管理、训练，具有任命团以下军官的权限。
通俗地讲，海军司令部、陆军司令部只管与训练打仗有关的事，其他诸如国防预算分配、确定作战战略、国防工程建设等事务，都由军事委员会统筹安排。
第三，不惜代价兴建海军。
废除右二军水师称号，改称革命军海军。海军基本继承原右二军水师，但右二军编制较为粗疏，仅有一师、二师、三师等编制，不能体现海军特有的专业性、特殊性，必须进行一番大刀阔斧的改革。
革命军海军下辖东海舰队、长江舰队、海军陆战队三大部队，首任司令员为原右二军军长史潘西。
（一）东海舰队。
东海舰队顾名思义，是一支外海舰队，防区覆盖整个东海，主要任务是保卫海疆，以外国列强为假想敌。
东海舰队首任司令员为史潘西，副司令员为原右二军一师师长朱俞鸣。海军司令员兼任东海舰队司令，从中不难看出东海舰队的重要性。
东海舰队主要继承右二军第一师的人员装备，司令部驻上海，在浙江宁波、上海金山建有大型海军基地。
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目前，东海舰队现有装备以小型铁甲炮艇为主、只能在近海航行。
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